История Пхи-Пхи начиналась примерно с 1940-х годов. Не так давно мусульманские рыбаки начали заселение более крупного острова Пхи-Пхи Дон. Эти мусульмане были первыми жителями островов Пхи-Пхи. Тем не менее, количество рыбаков здесь заметно уменьшилось. Это уменьшение начало происходить сразу вскоре после основания на Пхи-Пхи дон кокосовой плантации. Заметной датой в истории Пхи-Пхи стал 2000 год. В этом году острова прославились благодаря фильму "Пляж".
Также важной датой в истории Пхи-Пхи является 26 декабря 2004 года, когда разрушительное цунами унесло много жизней на острове и разрушило почти все здания. Тем не менее, история Пхи-Пхи на этом не закончилась — просто начался новый период. Местным жителям удалось восстановить многие здания на острове и сегодня Пхи-Пхи является одним из самых популярных курортов Тайланда.
